我国在农业上使用不少农药，环境污染已构成社会性的问题。臭氧发生器具有强氧化力与杀菌作用，作为防止药害及环境污染的一个手段正在各行业得以应用，如设施园艺（营养液栽培），种子育苗，保鲜等的杀菌消毒，另外低浓度的处理以促进发芽、生长也较得效果。由于农业涉及诸因子之复杂性，同样是臭氧，因浓度与处理方法的不同，对植物及生命体的影响也具有完全不同效果。臭氧气体用于设施内植物臭氧发生器能有效防治暖棚中番茄、香瓜、黄瓜的霜霉病、灰霉病等，并能去除茄子、蘑菇类、盆花等的霉杂菌及蚜虫，还有促进生长之效果。小型温室只需装一台，在通路上方布管可达到很好扩散效果。氧水用于大棚滴灌臭氧水滴灌可驱除营养液中藻类，也可用于营养液病害的杀灭。因采用根部浸渍栽培时，浓度在0.1MG/L以上会有损害，所以可在休闲期对营养液处理，或者以循环方式，即在营养液回流储存罐时，注入臭氧的间歇方式杀菌。例：单栋温室，350平方，均高2米。12-3月间使用臭氧机，每1-2天开机一次，每次60分钟对空气净化，同时每3天往水箱中吹臭氧，100升的水箱曝气20分钟。经臭氧处理的大棚菜的状况：臭氧喷雾防治空气传染性病菌选用抗叶霉病较弱的番茄品种，设4个试验区进行菌接种；1>喷雾后修正浓度为0.3mg/l的臭氧水喷雾区2>百菌清农药700倍稀释的农药喷雾区3>蒸馏水喷雾区4>无接种无喷雾对照区。
